In der Marienkirche befindet sich die in den Jahren 1904/05 errichtete Klais-Orgel auf der Orgelempore an der Ostseite der Kirche. Diese nahezu originalgetreu wieder hergestellt pneumatische Orgel stellt das wichtigste Instrument der Marienkirche dar.
Zur Ergänzung der Hauptorgel wird aktuell eine neue Chororgel gebaut, deren Finanzierung und Planung maßgeblich auf den Orgelverein Pro Musica Sacra zurückgeht.