Die Kirchenmusik spielt in der Marienkirche schon seit Jahrzehnten eine herausragende Rolle und wird ganz wesentlich von der in den Jahren 1904/05 errichteten Klais-Orgel mit bestimmt. Die anstehende Renovierung dieser historischen Orgel führte im Jahr 1998 zur Gründung eines Freundeskreises, der sich die Renovierung der Orgel als ein wesentliches Ziel in dieser Zeit gesetzt hat.
Im Laufe von fünf Jahren konnte das am Anfang aussichtslos erscheinende Projekt dank reger Aktivität des Vereins und großherziger Spenden gestemmt werden und erfolgreich mit der Übernahme von knapp der Hälfte der Renovierungskosten zu Ende gebracht werden.
Frisch renoviert erstrahlt seitdem die Klais-Orgel und stellt wieder einen wichtigen Eckpfeiler in der Kirchenmusik der Marienkirche dar. In den vielen großen und kleinen Orgelkonzerten und bei der musikalischen Ausgestaltung der Gottesdienste erstrahlt die historische Orgel wieder fast originalgetreu.
Der Gesang des Chores der Marienkirche, der Jungen Kantorei und anderer Gastchöre wird durch ihren Klang unterstützt und bereichert.